Отдел „Косвени данъци” изпълнява следните основни функции:

• Разработва проекти на данъчни нормативни актове в областта на данъка върху добавената стойност, акцизите и данъка върху застрахователните премии;
• Изготвя указания, становища и отговори по писмени запитвания по практическото прилагане на данъчното законодателство в областта на данъка върху добавената стойност, акцизите и данъка върху застрахователните премии;
• Изготвя становища по проекти на указания по прилагането на данъчното законодателство, изготвени от Националната агенция за приходите и Агенция „Митници“ в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Изготвя становища по проекти на нормативни актове изготвени от други дирекции на МФ, министерства и ведомства, по въпроси в областта на данък върху добавената стойност и акцизите;
• Участва в процеса на въвеждане на европейското законодателство в националното законодателство в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Участва в изготвянето на проекти на рамкови позиции на Република България по проекти на европейски нормативни актове в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Участва в изготвянето на становища и проекти на позиции за заседанията на Съвета на министрите по икономически и финансови въпроси (ЕКОФИН) в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Изготвя становища и проекти на позиции по работните документи за заседанията на работните групи и комитети към Европейската комисия и Съвета на Европейския съюз в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Участва в заседанията на работните групи и комитети към Европейската комисия и Съвета на Европейския съюз в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Изготвя материали и участва в заседанията на Съвета по европейски въпроси в областта на данъка върху добавената стойност и акцизите и координира дейността на работна група 10 „Данъчна политика“ по отношение на данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Извършва нотификация на национални нормативни актове, въвеждащи изискванията на Европейския съюз в електронната система на Европейската комисия за нотификация на национални изпълнителни мерки относно данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Изготвя проекти на позиции и предоставя информация и документи във връзка с информационната и досъдебната фаза по открити от Европейската комисия процедури по неизпълнение на правото на Европейския съюз, както и предложения за промени в данъчното законодателство по отношение на данък върху добавената стойност и акцизите за отстраняване на несъответствия;
• Участва в процеса на изготвяне на позиции на Република България по заведени пред Съда на Европейския съюз дела и по преюдициални запитвания до съда в областта на данък върху добавената стойност и акцизите;
• Анализира, разработва и предлага данъчни мерки и инструменти за борба с данъчните измами и укриването на данък върху добавената стойност и акцизи;
• Координира и участва в изработването на заповеди по акцизите.
• Участва в съгласуването на проекти на международни договори по въпроси свързани с данъка върху добавената стойност и акцизите;
• Координира изработването и участва в съгласуването на проекти на нормативни актове и други актове, свързани с дейността на приходните агенции, включително по прилагането на Регламент на Съвета (ЕС) № 833/2014 от 31 юли 2014 година относно ограничителни мерки с оглед на действията на Русия, дестабилизиращи положението в Украйна (ОВ, L/1, 229 от 31 юли 2014 г.), наричан по-нататък "Регламент на Съвета (ЕС) № 833/2014", и Регламент (ЕС) № 269/2014 на Съвета от 17 март 2014 година относно ограничителни мерки по отношение на действия, подкопаващи или застрашаващи териториалната цялост, суверенитета и независимостта на Украйна (ОВ, L/6 от 17 март 2014 г.), наричан по-нататък "Регламент (ЕС) № 269/2014";
• Изготвя становища и позиции по работните документи и участва в заседанията на работните групи, комитети и форуми към ОИСР в областта на облагането с косвени данъци;
• Въвежда в българското законодателство съответните промени съгласно сключените международни договори в областта на международното данъчно облагане на ниво ОИСР.
• Изготвя оценки на въздействието по проекти на нормативни актове по т. 2 и по действащото данъчно и счетоводно законодателство;
• Проследява съответствието на националното данъчно законодателство с решенията на Съда на Европейския съюз и изготвя предложения за промени в случай на несъответствие;
• Участва в актуализирането на базата данни на Европейската комисия "Данъците в Европа" в частта за Република България;
• При необходимост изготвя и съгласува проекти на решения на Министерския съвет за предоставяне на дерогация по чл. 5в, параграф 1, буква "а", в частта за данъци, на Регламент на Съвета (ЕС) № 833/2014 и на дерогация по чл. 4, параграф 1, буква "а", в частта за данъци, от Регламент (ЕС) № 269/2014.