С Решение на Европейската комисия от 29.06.2007 г. програма ФАР в България се управлява в условията на Разширена система за децентрализирано управление. Това е система за изпълнение на програмата, при която акредитираните Изпълнителни агенции по програма ФАР/ПФИ (вкл. ЦЗФД) поемат отговорността за осъществяване на дейностите по предварително одобрение на техническите спецификации и документации за провеждане на процедури за обществени поръчки, провеждането на търгове и сключването на договори по помощта, финансирана от Общността.
Основните участници в процеса на подготовката, изпълнението и наблюдението на програма ФАР са:
- Националният координатор на помощта е заместник-министърът на финансите, отговарящ за цялостната координация на средствата от предприсъединителните фондове на национално ниво и обезпечава политическата координация между ЕК и българските бенефициенти. Той се определя с Решение на Министерския съвет. Националният координатор на помощта действа като единствен представител на Република Българя пред ЕК, с оглед на цялостното планиране, програмиране и управление на финансовата помощ, предоставяна от ЕС. Понастоящем националният координатор на помощта е заместник – министъра на финансите Любомир Дацов.
- Националният ръководител е заместник-министърът на финансите, в чийто ресор е Националният фонд. Националният ръководител се определя с Решение на Министерския съвет. Той носи пълната финансова отговорност за помощта, предоставена на Република България от ЕС по предприсъединителните инструменти; ръководи и наблюдава системата за ефективно, ефикасно и икономично финансово управление на предприсъединителните инструменти. Той гарантира цялостното финансово управление на средствата от ЕС и кореспондиращото национално съфинансиране от всички структури, включени в процеса на управление на предприсъединителните финансови инструменти. Понастоящем националният ръководител е заместник-министъра на финансите Димитър Ивановски.
- Национален фонд е централният съкровищен орган, получател на средствата от ЕС и подчинен на националния ръководител. Националният фонд е отговорен за финансовото управление на помощта, предоставяна от страна на ЕС, както и на кореспондиращото съфинансиране. Действа като агент по плащането на даден проект, организира и поддържа система за финансова отчетност и информация по програмите и проектите, финансирани от Европейския съюз.
- Ръководителят на програма е представител на администрацията, който оглавява съответната Изпълнителна агенция и се определя от националния ръководител за всяка Изпълнителна агенция. Той е отговорен за ефективното финансово управление на проектите, които ще се изпълняват. Ръководителят на програмата е отговорен за провеждането на тръжните процедури, подписването на индивидуалните договори със спечелилите кандидати, извършването на плащанията по договорите както и извършването на контрол по време на изпълнението на договорите .
- Изпълнителните агенции по ФАР отговарят за изпълнението на програмите и проектите, както е посочено в съответното Финансово споразумение.
- Старшите програмните ръководители са представители на бенефициентите – държавни институции, отговорни за техническото изпълнение на проектите. Старши програмните ръководители са номинирани от съответните министерства или агенции - бенефициени по проекта.
- Бенефициентите могат да бъдат както структури от държавната администрация, така и други институции в публичната администрация. При грант схемите крайни бенефициенти могат да бъдат неправителствени организации и/или частни организации.
- Звеното за изпълнение на проекта е създадено от старши програмния ръководител за изпълнение на определени дейности по проекта;
- Делегацията на ЕК (само при децентрализираното управление DIS) представлява Европейската комисия, осъществява предварителен контрол върху управлението и усвояването на помощта от ЕС.
- Секторните подкомитети за наблюдение са съвместени органи между ЕК и бенефициента, създадени за да съблюдават развитието на всеки проект и предприемането на корективи действия при необходимост.
- Съвместният комитет за наблюдение е съставен от Националния ръководител, Националния координатор на помощта, директора на дирекция „Национален фонд”, директора на дирекция „Управление на средствата от ЕС” в Министерството на финансите, директора на дирекция „Координация по въпросите на ЕС и международните финансови институции” в Министерския съвет и представители на Европейската комисия. Комитетът има за задача да прегледа и оцени технически и финансово развитието на текущите предприсъединителни програми във връзка с постигане на целите поставени в програмните документи. В условия на разширена децентрализация съвместният комитет за наблюдение се събира два пъти годишно под ръководството на Националния координатор на помощта.