Второстепенните разпоредители с бюджет по бюджета на Министерството на финансите са ръководителите на следните бюджетни организации, които са самостоятелни юридически лица, като някои от тях имат териториални структури в страната:

• Агенция „Митници"
• Агенцията за държавна финансова инспекция
• Националната агенция за приходите
• Изпълнителна агенция „Одит на средствата от Европейския съюз"
• Агенцията по обществени поръчки